从GEO原始矩阵到细胞注释：一套可复用的Seurat单细胞分析流程
从GEO原始矩阵到细胞注释：一套可复用的Seurat单细胞分析流程最近在整理自己的单细胞分析代码时，我越来越倾向于把流程拆成两个目标同时推进： 分析结果要能跑通，也就是从原始矩阵一路走到可解释的聚类和注释； 流程结构要可复用，不同项目只改数据输入和少量参数，就能快速迁移。 这篇文章就以 GSE182244 PBMC 数据 为例，系统梳理一套比较完整的 Seurat 分析流程。整套代码覆盖了： 项目目录初始化 原始表达矩阵与 metadata 读入 metadata 统一命名与标准化 基础质量控制（mt/rb/hb） 按样本动态阈值过滤低质量细胞 scDblFinder 双细胞识别 标准 Seurat 聚类 Harmony 批次效应校正 marker 可视化与细胞类型注释 如果你也想把自己的单细胞代码从“能跑”整理成“能复用”，这套思路会非常实用。 1. 流程设计思路：先搭框架，再跑分析我现在比较推荐的写法，不是直接从 Read10X() 或 CreateSeuratObject() 开始往下堆，而是先把整个项目管理框架搭起来。 1.1 为什么先做目录...
Hexo博客从本地到上线：Git、Hexo、GitHub Pages与自定义域名关系梳理
🧩 Hexo博客从本地到上线：Git、Hexo、GitHub Pages与自定义域名关系梳理最近在重新折腾个人博客的时候，梳理了几个非常典型的问题： 为什么 GitHub 上的内容变了，但网站没有立刻变？ 为什么 mice-33.github.io 和 mice33.top 都能打开，但其实还是同一个站点？ 为什么本地能运行，VS Code 终端里却不行？ 为什么中国内地访问 GitHub Pages 有时不太稳定？ 为什么有的教程直接用 hexo，而我这里更适合用 npx hexo？ 这篇文章不再只讲“怎么操作”，而是把整个博客运行链路背后的知识系统梳理一遍。搞懂这些之后，后面无论是更新博客、部署网站，还是迁移托管平台，都会清楚很多。 1️⃣ 你到底在维护什么很多人刚开始搭博客时，会下意识觉得自己在维护“一个网页”。 其实不完全对。 你真正维护的是一个 Hexo 博客工程，它至少包含两类内容。 1.1 博客源码也就是你平时真正编辑的那部分文件，比如： source/ 里的文章、页面 _config.yml _config.butterfly.yml package...
Linux RServer环境下配置Arial字体完整教程
🐧 Linux RServer环境下配置Arial字体完整教程在Linux服务器环境中使用RStudio Server进行数据可视化时，字体问题往往是困扰我们。本教程基于本人成功配置案例，提供一套完整的Arial字体配置解决方案。 🎯 背景说明在Linux服务器环境中使用RStudio Server进行ggplot2绘图时，经常遇到以下问题： 🚫 字体缺失：系统默认不包含Arial等常用字体 📊 图表显示异常：使用默认字体导致图表美观度下降 🔤 Unicode字符问题：μ、α等科学符号显示为方框 📄 PDF保存问题：导出文件中字体嵌入不正确 本教程将彻底解决这些问题！ 🏗️ 第一步：系统层面安装Arial字体🔧 Ubuntu/Debian系统1234567891011121314# 更新包索引sudo apt update# 预先接受许可协议（推荐）echo "ttf-mscorefonts-installer msttcorefonts/accepted-mscorefonts-eula select true" | sud...
R语言时间序列蛋白质组学聚类分析完整教程
🧬 R语言时间序列蛋白质组学聚类分析完整教程在蛋白质组学研究中，时间序列分析是理解蛋白质动态变化模式的重要方法。本文将详细介绍如何使用R语言的TCseq包进行时间序列蛋白质组学聚类分析。 🎯 分析目标通过时间序列聚类分析，我们可以： 📈 识别蛋白质在不同时间点的表达模式 🔍 发现具有相似变化趋势的蛋白质群组 📊 可视化蛋白质动态变化规律 🧩 为后续功能富集分析提供基础 📦 所需R包123456789101112# 安装和加载必需的包# install.packages('BiocManager')# BiocManager::install('TCseq')# install.packages(c('readxl', 'pheatmap', 'dplyr', 'ggplot2', 'gridExtra', 'patchwork'))library(TCseq) # 时间序列聚类分析lib...
Hello World
Welcome to Hexo! This is your very first post. Check documentation for more info. If you get any problems when using Hexo, you can find the answer in troubleshooting or you can ask me on GitHub. Quick StartCreate a new post1$ hexo new "My New Post" More info: Writing Run server1$ hexo server More info: Server Generate static files1$ hexo generate More info: Generating Deploy to remote sites1$ hexo deploy More info: Deployment